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學術參考文獻一般不查重，而且論文的參考文獻是一般是不需要查重的，而且學術檢測系統時，就算把全部的論文上傳上去，學術檢測查重系統也是可以識別正確的目錄和參考文獻并剔除，不參與正文檢測。 但是也千萬不要圖省錢，把參考文獻哪些不參考查重的地方省略了。
論文的撰寫應本著嚴謹、求實的科學態度，凡有引用他人成果之處，均應按論文中所出現的先后次序列于參考文獻中，并且只列出正文中以標注形式引用或參考的有關著作和論文，參考文獻應按正文中出現的順序列出直接引用的主要參考文獻。 一般而言，無論是高校還是雜志社在對論文進行學術查重過程中，主要考慮的是論文的去除引用文獻的重復率部分，這也可以在學術檢測報告當中體現出來，學術報告當中有一個全文的重復率部分，還有一個部分是去除引用文獻的重復率部分，因此，一般而言，即使論文作者對其他論文進行引用，只要引用格式正確，一般都會被學術論文查重軟件自動識別為引用部分，以綠色字體標注，在去除引用文獻部分的重復率會有所體現。
學術參考文獻一般不查重，而且論文的參考文獻是一般是不需要查重的，而且學術檢測系統時，就算把全部的論文上傳上去，學術檢測查重系統也是可以識別正確的目錄和參考文獻并剔除，不參與正文檢測。 但是也千萬不要圖省錢，把參考文獻哪些不參考查重的地方省略了。 因為學術查重系統的算法會將你的論文和數據庫中已收錄的論文進行對比，從而得出你論文中哪些部分涉嫌抄襲。 所以整篇上傳，得出來的論文檢測結果才是最準確的。 二、學術參考文獻查重飄紅是怎么回事？ 不過有些人在用學術查重檢測時，卻發現自己的論文查重報告當中參考文獻、目錄或者甚至有些不查重的部分飄紅，出現我們通常所說的重復率，這又是怎么會事呢？ 出來這樣的原因可能有以下幾點：
但是像我所在的浙江大學，學校為學生購買了學術查重服務，并集成到研究生管理系統了，而且， 用于查重的論文版本也是最終送審的版本 。 這意味著，刪除參考文獻是不可取的，因為送審版本是需要包括參考文獻的。