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論文查重需要把參考文獻放進去，其目的有三即：為了能反映出真實的科學依據；為了體現嚴肅的科學態度，分清是自己的觀點或成果還是別人的觀點或成果；為了對前人的科學成果表示尊重，同時也是為了指明引用資料出處，便于檢索。
簡單來說，按照學校要求的大綱架構和參考文獻引用規范（GB/T-7714）去寫論文，學術都能識別出參考文獻部分，并在查重時自動剔除。 不僅是參考文獻部分，諸如論文封面、目錄、成果清單等內容也是不在查重范圍內的。 而且，在查重報告中， 不納入查重范圍的參考文獻、目錄等內容都會以灰色字體顯示，而正文則以黑色字體顯示。 通過這點，也可以幫助我們判斷學術是否成功識別了參考文獻等無需查重的內容。 那么，有人可能會說： 干脆在查重前把參考文獻部分刪除不就行了嗎？ 如果你自己掏錢購買的查重服務，確實可以考慮這么做。 但是像我所在的浙江大學，學校為學生購買了學術查重服務，并集成到研究生管理系統了，而且， 用于查重的論文版本也是最終送審的版本 。
考慮到論文封面、目錄、參考文獻、引用等內容的，因此，大家在提交論文進行學術查重之前應當將上述內容給予刪除，以保障學術查重結果的準確性，不過也需要根據學校實際要求來刪除。 此外，目前學術查重僅能夠識別word形式的文章，學生在檢測論文時候對于文檔中的圖片內容可以不予刪除，其并不會影響學術查重結果的準確性。
根據已有研究成果及經驗，一般的基礎研究、理論研究論文引用的參考文獻數量在10篇左右，綜述性論文引用的文獻數量可以多一些，技術性、實驗性論文引用文獻相對較少。 參考文獻的選擇，應該根據文章的需要來確定，以數量最少、質量最優、作用最佳、成果最新為基本原則。