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封面、摘要、緒論、第一章、第二章、等等這樣一系列的都會各自分成一個片段來檢測，每一個片段都計算出一個相似度，再通過這樣每章的相似度來計算出整篇論文的總重復率。 當學術查重系統識別到你論文中有某句話涉嫌抄襲的時候，它就會對這句話的前面后面部分都重點進行模糊識別，這個時候判斷標準就變得更嚴格，僅僅加一些副詞或虛詞 (比如“的”、“然后”、“但是”、“所以”此類詞語）是能夠識別出來的。 在學術查重進行中，檢測系統只能識別文字部分，論文中的圖片、word域代碼、mathtype編輯的公式、是不檢測的，因為檢測系統尚無法識別這些復雜的內容格式。
實際上，導致出現這個問題的最大原因很有可能是學術論文查重系統中的“大學生論文聯合比對庫”。 這個“大學生論文聯合比對庫”具體是什么？ 其實，像本科生的畢業論文在使用學術論查重系統時，一般都是使用學術pmlc查重系統。 而學術pmlc查重系統里特有一個對比庫，也就是“大學生論文聯合比對庫”。 它主要是針對本科生的畢業論文，也就是說每個畢業生的論文都要進行對比的一個數據庫，并且這個數據庫是其他學術論文查重系統里所沒有的。
學術接收申請以后，會刪除論文在學術上的HTML文件，但是會保留數據庫中的CAJ和PDF文件，同時在論文標題加上 “撤稿” 的標識，并且在論文的信息頁面加上撤稿聲明。 撤稿，撤回以后，你的論文還是能在學術上搜索到，可以看到論文的信息，并且學術的查重數據庫中有可能會保留這份論文，以后再拿著這份稿件去查重，重復率可能會變得非常高。
雖然學術的“大學生論文聯合比對庫”收錄了大量往屆的畢業生論文，但并不會立即收錄你現在所進行查重的文章，只會等滿一年之后才會記錄在檔。 因此，你的本科論文雖不是立馬入庫，這并不意味著你不用去修改，就能將往屆的畢業論文內容直接抄到自己的論文里面。