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首先應當明確的是，學術查重并不是只要論文作者將論文的相關部分加上腳注，這樣就會自動將該部分識別為引用部分，那學術究竟識別什么樣的腳注才算是引用呢？ 其實學術是有大數據的，也就是說，學術查重報告是通過比對論文的原文和學術數據庫當中的論文，如果，論文原文和學術數據庫當中的論文具有高度相似性，且該部分沒有被標注為引用部分，也就是說沒有在論文當中加上腳注，則該部分會被識別為重復部分，而如果該部分加上了腳注，是在學術的數據庫當中，并沒有相應的文獻，也就是說，所謂的加腳注，加的其實是假腳注，明明用的是某個學者的論文，但是卻標注成另外一個學者的名稱，這樣，學術就沒有辦法將該部分識別為引用部分。
最近有不少同學在 學術查重 時，發現有些同學的碩士研究生畢業論文的腳注和尾注被學術當作論文正文查重了，腳注部分大部分被標紅當作重復內容，慘不忍睹；但有些同學的碩士論文的腳注卻被學術正確識別出來了，沒有當作重復部分，如下圖所示： 那么，什么情況下學術查重能正確識別出論文的腳注部分呢？
word格式里面標注的腳注：學術對word格式論文里面的腳注并不全部都識別，如果單個腳注的字數很少，比如幾十字，或者100字左右，那么，學術基本上是不識別腳注的內容的，也即是說會被忽略掉，如果單個腳注的內容長一些，比如超過了200字，那么學術會識別這個腳注，重復就會被標紅處理。 pdf格式里面標注的腳注：學術對pdf格式論文里的腳注全部都識別。
不過隨著學術對pdf文件的識別能力越來越強，將來學術查重系統也能對pdf的腳注內容進行識別，從而杜絕腳注被標紅的不合理現象。 不管什么格式，建議在提交給學術查重入口 ( www.cnkivip.net )時，按照學校要求的格式進行提交是最穩妥的，學校要求提交word格式的話，你在自己提前論文檢測時，也提交word格式，如果學校要求提交pdf格式的話，自己在學術查重時也需要提交pdf格式。