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這是很多人疑惑的一個地方，畢竟參考文獻太容易重復了。 答案是： 學術查重對象不包括參考文獻，但你也不需要將參考文獻從論文中刪除。 以學術查重來說，可以肯定的是：查重對象是不包括參考文獻的。 而且，就算你沒有將參考文獻從論文中刪除，學術也是能正常識別出來參考文獻部分的，前提是你的論文結構是規范的，而且按照 規范格式 引用了參考文獻。 簡單來說，按照學校要求的大綱架構和參考文獻引用規范（GB/T-7714）去寫論文，學術都能識別出參考文獻部分，并在查重時自動剔除。 不僅是參考文獻部分，諸如論文封面、目錄、成果清單等內容也是不在查重范圍內的。 而且，在查重報告中， 不納入查重范圍的參考文獻、目錄等內容都會以灰色字體顯示，而正文則以黑色字體顯示。
1.參考文獻這四個字，要獨占一行，并且只顯示參考文獻，不能把其他的內容也寫進來，不然的話學術就識別不出來，然后就會導致標紅。 2.參考文獻如果是從別的地方復制過來的，可能會有隱藏的格式或者代碼導致學術系統無法識別參考文獻，從而被標紅。 對于引用學術論文查重系統中有個引用率的概念，這個跟抄襲率是不同的，不過引用率如果過高，有些學校也是不允許的，不然的話如果標注為引用就排除，那檢測就沒任何意義，大家隨便抄，想抄多少就抄多少，只要標注引用就可以啦！
學術論文查重檢測是不檢測腳注的，而腳注會被標紅，可能是因為格式不正確，在提交論文時，文檔格式盡量提交docx文檔才能被正確識別，doc格式的文檔也是能夠識別的，只是沒有docx格式的文檔識別那么準確，因為在提交doc格式的文檔容易使腳尾注損壞，從而導致識別不出而被標紅。
但是像我所在的浙江大學，學校為學生購買了學術查重服務，并集成到研究生管理系統了，而且， 用于查重的論文版本也是最終送審的版本 。 這意味著，刪除參考文獻是不可取的，因為送審版本是需要包括參考文獻的。